نظارت و پایش پروژه‌های ذیل طرح ملی نجات دریاچه ارومیه، یکی از مهم‌ترین مواردی است که از ابتدای شکل‌گیری ستاد احیای دریاچه ارومیه مورد توجه و دقت نظر قرار گرفته بود. بدین ترتیب، علاوه بر نظارت بر حسن اجرای پروژه‌های مورد حمایت ستاد و سایر پروژه‌های تعریف شده و فعال در منطقه، بر تعریف و اجرای پروژه‌های موفق تأکید و در پروژه‌هایی که اثربخشی لازم را ندارند، بازنگری صورت می‌پذیرفت.
داشتن نگرش یکپارچه به اجرای پروژه‌های مختلف تعریف شده برای احیای دریاچه ارومیه از اهمیت ویژه‌ای برخوردار است؛ زیرا پروژه‌ها به صورت مکمل با یکدیگر عمل می‌نمایند تا سبب افزایش تراز دریاچه شوند. در برخی شرایط، اجرای پراکنده یا پیشرفت نامتوازن این پروژه‌ها نه تنها سبب افزایش ورودی آب به دریاچه نمی‌گردد، بلکه حتی ممکن است کاهش ورود آب به دریاچه را نیز به دنبال داشته باشد. به همین دلیل، مصوب گردید که پروژه‌های مختلف احیای دریاچه ارومیه در قالب سبدپروژه‌های مختلف، برنامه‌ریزی و اجراء و پایش شوند. به‌عبارت دیگر، به منظور افزایش تأثیر پروژه‌های احیای دریاچه ارومیه، این پروژه‌ها می‌بایست در قالب مجموعه‌هایی متشکل از پروژه‌های مکمل و وابسته به یکدیگر تحت عنوان سبدپروژه پیاده‌سازی شوند.
یکی از سیاست‌هایی که ستاد احیای دریاچه ارومیه از ابتدا آن را دنبال کرد، استفاده از ظرفیت‌های محلی منطقه در همه ابعاد به خصوص بخش پایش پروژه‌ها بوده که شامل جمع‌آوری اطلاعات با همکاری دستگاه‌های مجری استانی همکار ستاد، تهیه گزارشات مختلف تعریف شده در زمینه پایش، بازدید و انجام فعالیت‌های صحت‌سنجی بوده است. مسئول تهیه این گزارشات دفاتر استانی ستاد در منطقه و دانشگاه‌های تبریز و ارومیه بوده‌اند. علاوه بر این، یکی از فعالیت‌های صورت گرفته در بخش پایش، تعامل با دستگاه‌های مجری همکار ستاد و بررسی سیستم‌های پایش و کنترل پروژه آن‌ها و آموزش و تربیت نیروی انسانی متخصص در راستای بهره برداری از این سامانه بوده است. در راستای انجام این قسمت از برنامه‌ها، جلسات متعددی با کارشناسان و مدیران سازمان‌ها و سامانه‌های پایش همکار با ستاد برگزار شده که از آن‌ها می‌توان به شرکت توسعه منابع آب و نیروی ایران، سامانه آبیاری‌های نوین شرکت مدیریت منابع آب ایران و شرکت مهندسی آب و فاضلاب کشور اشاره کرد.
شرکت مهندسین مشاور آب و محیط‌زیست شریف، از جانب دبیرخانه کارگروه ملی نجات دریاچه ارومیه مأمور به اجرای پروژه «مدیریت نظارت و پایش طرح ملی نجات دریاچه ارومیه» در چارچوب سیاست‌های کلان کارگروه بوده است.
