یکی از رویکردهای مهم ستاد احیای دریاچه ارومیه، رعایت سلسله مراتب تصمیم‌سازی و تصمیم‌گیری بوده است. در حقیقت، بر اساس چهارچوب‌هایی که از ابتدا توسط ستاد تعریف شد، تلاش گردید هرگونه اتخاذ تصمیمی از خرد تا کلان، مبتنی بر خردجمعی و اجماع کارشناسی باشد. بر همین اساس و ما به ازای اهمیت هر تصمیم، کمیته‌ای در ستاد احیای دریاچه ارومیه تشکیل یافت تا بنا بر ضرورت آن موضوع، جلسات کمیته مورد نظر تشکیل و با طرح موضوع در آن جلسه و جمع‌بندی اعضای کمیته، نظر نهایی ستاد در قالب خروجی و صورت‌جلسه ارائه گردد. در این روش اقدام که با هدف «مدیریت برنامه‌ریزی» در دبیرخانه کارگروه انجام پذیرفته، اتخاذ تصمیم در موارد ابهامات و مشکلات به وجود آمده در مسیر اجرای برنامه احیای دریاچه ارومیه تسهیل شده و سیاستگذاری لازم برای حرکت ستاد احیای دریاچه ارومیه در آینده انجام می‌پذیرفت. در این چارچوب کاری، شرکت مهندسین مشاور آب و محیط‌زیست پایدار شریف، در قالب پروژه «مدیریت برنامه‌ریزی طرح ملی نجات دریاچه ارومیه»، به عنوان مجری سازمان‌دهی کمیته‌های هماهنگی، سیاستگذاری، راهبری، راهبردی و از همه مهم‌تر، بالاترین ارگان تصمیم‌گیری طرح یعنی کارگروه ملی نجات دریاچه ارومیه انتخاب شد. این شرکت، مطالعات صورت گرفته توسط کمیته‌های تخصصی، جلسات کارگروه ملی نجات دریاچه ارومیه و کمیته‌های فوق‌الذکر با نمایندگان دستگاه‌های اجرایی و همچنین گزارش‌های نظارت و پایش تولید شده را مورد مطالعه و بررسی قرار می‌داد و پس از پیمودن مسیر اجرایی تعریف شده، پیش‌نویس تصمیم‌های لازم‌الاتخاذ را جمع‌بندی و ارائه می‌داد.